Starfssvæði HNE nær yfir 12 sveitarfélög. Þau eru: Dalvíkurbyggð, Hörgársveit, Akureyri, Eyjafjarðarsveit, Svalbarðsstrandarhreppur, Grýtubakkahreppur, Þingeyjarsveit, Skútustaðahreppur, Norðurþing, Tjörneshreppur, Langanesbyggð og Svalbarðshreppur.
Heilbrigðiseftirlitið hefur eftilit með matvælafyrirtækjum, þjónustufyrirtækjum og fyrirtækjum sem valdið gætu mengun og heldur
skrá yfir eftirlitsskylda starfsemi á starfssvæðinu. Lögð er áhersla á að starfið sé að stórum hluta fyrirbyggjandi og tryggi
öryggi neytenda og náttúru.
Auk þess sér heilbrigðiseftirlitið um útgáfu starfsleyfa fyrir leyfisskylda starfsemi. Þá eru ótalin verkefni heilbrigðiseftirlitsins sem taka til þjónustu við íbúa svæðisins, fyrirtækjanna og sveitarfélaganna hvað varðar fræðslu og upplýsingar, svör við fyrirspurnum og að sinna kvörtunum.
Heilbrigðiseftirlit Norðurlands-eystra starfar samkvæmt lögum um hollustuhætti og mengunarvarnir, nr. 7/1998. Markmið laganna er að búa landsmönnum heilnæm lífsskilyrði og vernda þau gildi sem felst í heilnæmu og ómenguðu umhverfi. Verkefnum þess má skipa í 4 meginflokka:
Heilbrigðiseftirlitið er sjálfstæð eining þannig að þegar heilbrigðisnefnd hefur verið kosin á aðalfundi Eyþings, samkvæmt tilnefningum sveitarfélaganna, þá stýra sveitarfélögin ekki faglegum málum nefndarinnar. HNE leggur fram sérstaka fjárhagsáætlun ásamt áætlun um skiptingu kostnaðar milli sveitarfélaga. Þessar áætlanir þarf að leggja fyrir sveitarfélögin.
